O programa tem como objetivos principais investir na formação de professores e pesquisadores no campo da Ciência Política, oferecendo aos seus alunos uma formação sólida em sintonia com os avanços teóricos e metodológicos recentes na área; estimular o desenvolvimento de pesquisas promovendo a colaboração e envolvimento de jovens pesquisadores nas atividades coordenadas pelos professores em seus diversos grupos de pesquisa; manter um espaço de interlocução e diálogo constantes com outras disciplinas na área de humanidades, especialmente com a sociologia, a economia, a história, as relações internacionais, o direito e a administração pública; ampliar e consolidar a Ciência Política na Bahia, no Nordeste e no Brasil, buscando a nacionalização e internacionalização do Estado na área.
O perfil do mestre em ciência política é de um profissional capacitado para o ensino universitário (em nível de graduação e pós-graduação) e para o desenvolvimento de pesquisas e atividades de extensão. Os pesquisadores estão aptos para desenvolver trabalhos voltados para compreensão crítica e análise de processos políticos locais e suas interações com as dimensões nacional e global.
O perfil dos egressos do curso de mestrado em ciência política possibilita também a atuação no âmbito da administração pública e em organizações da sociedade civil, notadamente aquelas voltadas para a elaboração e avaliação de políticas públicas. A capacitação teórica e o domínio de ferramentas de pesquisas qualitativas e quantitativas conferem aos egressos plenas condições para atuar no serviço público e no assessoramento de organizações voltadas para o atendimento de demandas da sociedade civil. Além disso, os concluintes do mestrado em Ciência Política estão habilitados a prosseguirem seus estudos em nível de doutorado, aprofundando temas de pesquisas e consolidando a produção de conhecimento da área.